مرحله‏ دوم مهندسی معکوس که به نقش فرایند نزدیک‏تر و ابعاد فنی آن نیز بیشتر است، مرحله‏ تحلیل عملکرد و همچنین دمونتاژ است. نحوه‏ انجام دمونتاژ یا از هم‏جدا ساختن ممکن است حسب نوع صنعت متفاوت باشد. در نرم‏افزارها دمونتاژ مستلزم استفاده از روش‏هایی به‏منظور دستیابی به سطوح بالاتر سیستم و کدهای آن باشد. پیش از دمونتاژ، تحلیلگر مهندسی معکوس، باید بداند کاربری محصول چیست، در چه محیطی کار می ‏کند، چگونه کار می ‏کند، عمر مفید و مدت کارکرد آن چیست و سایر خصیصه‏های محصول. همچنین تحلیلگر در هر مرحله از دمونتاژ باید به یافتن وظیفه و نقش اجزای محصول توجه داشته باشد. فرایند دمونتاژ مستلزم آگاهی تحلیلگر از دستورالعمل‏هایی است به‏نحوی که عدم رعایت آن‏ها مونتاژ مجدد محصول رادشوار یا غیرممکن می ‏کند. همین آگاهی است که اقدامات سنجیده‏ی اقتصادی مهندسی معکوس را از جداسازی اجزای یک رادیو توسط یک فرد عادی متمایز می ‏کند.

مرحله‏ سوم مهندسی معکوس که متمرکز بر اجزای محصول و ویژگی‏های جزیی‏تر آن است، تحلیل سخت‏افزاری و نرم‏افزاری نامیده می‏ شود. دانش روز و پیچیده‏تر شدن تولید و توسعه‏ محصولات، نیاز ما به استفاده از سخت‏افزارها و نرم‏افزارها را بیشتر ‌کرده‌است. تحلیلگر مهندسی معکوس به منظور تحلیل شیمیایی و متالوژیک مواد، تحلیل ابعادی، الکترونیکی می‏تواند از نرم‏افزارهایی نظیر نرم‏افزارهای شبیه‏ساز، سه‏بعدی‏کننده، مدل‏ساز، تحلیل‏گر آماری، ترسیم‏کننده‏ی هندسه و نرم‏افزارهای برنامه‏نویسی تحت سیستم عامل بهره ببرد. در این زمینه تجهیزات سخت‏افزاری نظیر رایانه‏ها، تجهیزات آنالیز مواد، پردازش‏گرها و … نیز به کار خواهند آمد. در واقع هرچه امکانات تحلیلگر مهندسی معکوس کامل‏تر و پیشرفته‏تر باشد، موفقیت مدیران پروژه در فرایند مهندسی معکوس بیشتر خواهد بود.

مرحله‏ چهارم مهندسی معکوس که بهینه ‏سازی و بهبود محصول نامیده می‏ شود، مرحله‏ای است که تحلیلگر عیوب طراحی محصول را می‏یابد تا ضمن کسب تجربه، در رسیدن به هدف خود از مهندسی معکوس آن را در نظر داشته باشد. به طور در تولید محصول خود یا محصول مشابه این عیوب را حذف و محصول را بهبود ببخشد. بهینه ‏سازی نه‏تنها به لحاظ فنی بلکه ممکن است با هدف کاهش هزینه و زمان صورت گیرد ‌بنابرین‏ تغییرات و بهبود مورد نظر تحلیلگر ممکن است آثار فنی نداشته باشد. بهره‏گیری از دانش بهینه ‏سازی نیازمند در اختیار داشتن متخصصین باتجربه است.

مرحله‏ پنجم یا نهایی مهندسی معکوس، تهیه و حفظ مستندات است. در این مرحله، کلیه اسنادی که طی فرایند مهندسی معکوس جمع‏ آوری یا تهیه یا گزارش شده‏اند، توسط متخصصین ضمن بازنگری، تدوین و به‏صورت نظام‏یافته ثبت می ‏شوند. این اسناد ماحصل فرایندی دشوار هستند که در حقیقت سرمایه و تجربه‏ی یک سازمان محسوب می ‏شوند. این اسناد، سازمان متولی مهندسی معکوس را از سایرین متمایز و به آن ها قدرت ناشی از دانش را اعطا می‏ کنند. حتی در شرایطی که سازمان با بهره‏گیری از مهندسی معکوس به هدف خود نایل شده است، حفظ این اسناد به‏منظور بهینه ‏سازی، تولید محصولات آتی و حفظ جایگاه در بازار، ضروری است.

۲-۱-۲ تمییز مهندسی معکوس از مفاهیم مشابه

چنان که پیشتر اشاره شد تمییز مفهوم مهندسی معکوس از مفاهیمی که امکان خلط آن ها با یکدیگر وجود دارد، از بروز ابهام در بخش‏های آتی جلوگیری خواهد کرد.

۲-۱-۲-۱ مهندسی معکوس و انتقال فناوری

یکی از زمینه‌های اعمال مدیریت دانش فنی که مستلزم جامع‏نگری است، انتقال دانش فنی است. امروزه رابطه‏ مستقیمی بین توسعه‏ دانش فنی و پیشرفت اقتصادی، اجتماعی، سیاسی و فرهنگی یک کشور برقرار است. بدون اتخاذ روش‏هایی برای توسعه‏ دانش فنی دستیابی به اهدافی چون خودکفایی اقتصادی، توسعه‏ ملی و بهبود استانداردهای زندگی دشوار و چه بسا غیرممکن است. چنان که پیشتر نیز اشاره شد از جمله روش‏های توسعه‏ دانش فنی، انتقال و جذب فناوری است. در این روش برخلاف روش توسعه‏ درون‏زای فناوری، دانش فنی در مکانی غیر از مکان اولیه‏ی خلق فناوری استفاده و به‏کار گرفته می‏ شود. انتقال فناوری که عمدتاً به کشورهای درحال توسعه پیشنهاد می‏ شود، روش‏های متعددی اعم از قراردادی و غیرقراردادی دارد. مهندسی معکوس علاوه بر آنکه روشی برای انتقال فناوری با بهره گرفتن از تجزیه و تحلیل محصولات فناورانه‏ی کشورهای توسعه یافته است، خود می‏تواند در توسعه‏ دانش فنی نیز مؤثر باشد. به عبارت دیگر، مهندسی معکوس محصولات فناورانه‏ی داخلی نیز می‏تواند در کنار انتقال فناوری از کشورهای پیشرفته، به افزایش دانش فنی متخصصین منجر گردد. توجه ‌به این ابعاد گسترده‏ی مهندسی معکوس، اهمیت آن را در سطح ملی و بین ‏المللی نشان می‏ دهد. ‌بنابرین‏ مهندسی معکوس ضمن تفاوت با انتقال فناوری، کارکردی مشابه با آن و همچنین از طرق تحقق آن به معنای واقعی است.

۲-۱-۲-۲ مهندسی معکوس و مهندسی مجدد

مهندسی مجدد^[۲۱] برداشتی نوین در مدیریت و به معنی تغییر فرایند فعالیت یک سازمان است. مهندسی مجدد از مفاهیم نسبتا جدیدی است که در ابتدا برای تاثیر گذاشتن بر جامعه‏ی مهندسی نرم‏افزار مطرح شد. فرایند مهندسی مجدد به صورت مستندسازی مجدد سیستم نرم‏افزاری، ترجمه‏ی سیستم به زبان برنامه‏نویسی مدرن، اصلاح کردن و به‏روز کردن ساختار است.^[۲۲] مهندسی مجدد روشی برای ابقای سیستم‏های نرم‏افزاری قدیمی و به‏روز کردن آن‏هاست که در اوایل دهه‏ ۹۰، جایگزین تلاش برای توسعه‏ نرم‏افزارهای جدید شد. مهندسی مجدد عمر مفید سیستم‏های قدیمی را افزایش و ساختار سیستم را بهبود می‏بخشد.

همان‌ طور که پیش از این گفته شد، مهندسی معکوس به معنی شناسایی اجزای سازنده‏ی یک محصول و روابط بین آن‏هاست که گاهی از آن برای ساخت یک محصول جدید نیز بهره گرفته می‏ شود. گاهی نیز به منظور ایجاد تغییرات در سیستمی که طرح و اجزای اولیه آن در دسترس نیست به کار می ‏رود. این تغییرات که به‏منظور مطابقت سیستم قدیمی با خواسته ها و نیازهای جدید صورت می‏ گیرد مهندسی مجدد نامیده می‏ شود. همچنین با این کار می‏توان مشکلات موجود در یک سیستم را ردیابی کرد و طی بررسی یک سیستم به مستندسازی آن سیستم نیز پرداخت تا با ایجاد درک بهتر از سیستم در جهت بهبود آن گام برداشت.^[۲۳]